Как собирают строительные леса: собираем и устанавливаем своими руками

собираем и устанавливаем своими руками

Наверх Перепланировки
  • Каталог домов
Рассылка С чего начать ремонт О проекте Реклама Контакты Facebook Vkontakte Odnoklassniki Instagram Pinterest Дизайн и декор
  • Квартира
  • Спальня
  • Кухня
  • Столовая
  • Гостиная
  • Ванная комната, санузел
  • Прихожая
  • Детская
  • Мансарда
  • Маленькие комнаты
  • Рабочее место
  • Гардеробная
  • Библиотека
  • Декорирование
  • Мебель
  • Аксессуары
  • Загородный дом
  • Ландшафт
  • Системы хранения
  • Коридор
  • Уборка
Строительство и ремонт
  • Фундамент
  • Кровля
  • Стены
  • Окна
  • Двери и перегородки
  • Потолок
  • Балконы и лоджии
  • Внутренние конструкции
  • Пол
  • Водоснабжение и канализация
  • Отопление
  • Вентиляция и кондиционирование
  • Газо- и энергоснабжение
  • Освещение
  • Сантехническое оборудование
  • Безопасность и домашняя автоматика
  • Бани, сауны, бассейны
  • Строительные материалы
  • Отделочные материалы
  • Инструменты
  • Техника
  • Законы и финансы

Сборка строительных лесов: схема монтажа и видео инструкция

Строительные, ремонтные и монтажные работы практически всегда требуют использования строительных лесов. Это оборудование для работ на высоте, которое должно быть устойчивым, безопасным и правильно собранным. Если установка лесов на объекте произведена не по правилам, то все последующие работы будут проводиться с большим риском для рабочих, прораба и инженера по технике безопасности. Ниже вы узнаете, как правильно производить монтаж строительных лесов на объекте.

Виды строительных лесов

Деревянные строительные леса постепенно уходят в прошлое и все меньше людей используют их в виду трудозатратности сборки-разборки. Металлические сборно-разборные конструкции практичней и дешевле своих деревянных собратьев.

Стальные строительные леса делятся на несколько видов по типу крепления:

  1. Строительные леса рамного типа. Состоят из жестких металлических рам, которые соединяются с помощью горизонтальных и диагональных связей. Связи крепятся к рамам флажковыми замками, а второй и последующий ярусы методом труба в трубу.
  2. Штыревые строительные леса соединяются с помощью штырей на горизонтальных трубах и проушин в вертикальных стойках. Это более дорогой вид сборных конструкций на высоте, чем леса рамного типа. Используются при необходимости соорудить конструкцию сложной геометрии.
  3. В хомутовых лесах крепление элементов проводится с помощью специальных хомутов. Это самый дорогой вид строительных лесов, но благодаря особенностям крепежа, из них можно соорудить конструкцию любой формы.

Далее в статье будем рассматривать процесс сборки рамных строительных лесов, так как это самый популярный вид оборудования на строительных объектах. Благодаря небольшой цене и удобству монтажа, рамные леса используют в работе более 80% организаций и частных лиц.

 

Сборка рамных строительных лесов

Перед сборкой строительных лесов необходимо подготовить площадку. Производится уборка мусора и выравнивание грунта в местах, где есть большие отклонения по уровню. Почва трамбуется и сооружаются водоотводы, иначе во время обильных дождей вся конструкция может «поплыть» и произойдет обрушение или перекос. В таком случае придется разбирать леса и выполнять подготовку площадки вновь, а это потери времени и денег.

Общие требования к монтажу

Монтаж строительных лесов включает в себя несколько этапов:

  • подготовительный этап;
  • сборка и установка строительных лесов;
  • заключительный этап — приемка.

Рассмотрим, как осуществляются работы во время каждой из стадий правильного монтажа высотных конструкций из рамных лесов.

Подготовительный этап

Перед началом работ на объекте, назначается ответственное лицо. Человек, который отвечает за правильность выполнения всех работ, обязан:

  1. Изучить особенности конструкции строительных лесов и проверить готовность площадки для их установки.
  2. Принять комплекты лесов со склада.
  3. Проверить наличие допуска для работ на высоте у рабочих.
  4. Провести целевой инструктаж: ознакомить бригаду с правилами сборки данной конструкции и ее особенностями, а также проверить усвоили ли монтажники полученные знания.

Площадка для монтажа должна быть не менее 3-х метров в ширину, а также ровная по горизонтали. При больших отклонениях по уровню, необходимо использовать бетонные плиты или деревянные брусья толщиной не менее 40 мм.

Если не используется защитная сетка на лесах выше 30 метров, место работ необходимо оградить на расстояние от строительных лесов не менее 7 м.

Порядок сборки и установки строительных лесов

 

 

Когда рабочая площадка готова к монтажу строительных лесов, приступаем к сборке. Выполнять работы необходимо в следующей последовательности:

  1. Устанавливаем опорные башмаки (пятки).
  2. В башмаки вставляем раму с лестницей (крайняя) и проходную раму.
  3. Соединяем рамы секции диагональными и горизонтальными связями.
  4. Выставляем таким образом первый ярус по всей длине выполняемых работ.
  5. Устанавливаем ригеля и настилы на первый ярус.
  6. В таком же порядке собираем второй ярус и закрепляем его анкерными кронштейнами.
  7. Повторяем действия до необходимой высоты (максимальная высота для сборки строительных рамных лесов ЛРСП-200 и ЛСПР-40 — 40 метров).

 

Заключительный этап — приемка

Приемку после монтажа строительных лесов должна осуществлять специальная комиссия. В ее состав входят: главный инженер компании, ответственный по монтажу и специалист по технике безопасности организации, которая проводит работы. Комиссия оформляет акт сдачи-приемки работ.

Только после всех вышеописанных мероприятий можно приступать к работе на лесах.

 

Консультация и инструкции по сборке строительных лесов

Все клиенты, которые покупают строительные леса на заводе МВК, получают экспертную консультацию по монтажу-демонтажу лесов. Также в комплекте с оборудованием идет паспорт изделия, где есть подробная схема сборки-разборки рамных металлических конструкций.

Мы ждем вас по адресу в Екатеринбурге: проспект Космонавтов, д.15, литер «О», офис №2. Приезжайте!

Вы также можете позвонить по нашим номерам телефонов и узнать цену комплекта лесов для сборки на своем объекте:

В Екатеринбурге: 221-14-95, 221-14-96, 221-14-02  и 8-912-280-05-65.

В Уфе: (347) 246-74-04, 274-65-78.

В Тюмени: (3452) 693 340, 607-324.

Во Владивостоке: (423) 236-38-05.

В Челябинске: (351) 790-07-07, 270-11-44.

Или заказывайте звонок на сайте и мы вам перезвоним через несколько секунд!

Рекомендации по монтажу строительных лесов

Рекомендации по монтажу строительных лесов

Многие виды строительных работ, тем более связанные с внешней отделкой фасадов объектов, предусматривают эксплуатацию строительных лесов. Наличие конструкций данного типа позволяет мастерам подниматься на значительные высоты и, находясь в удобном положении, осуществлять все требующиеся работы. Для того чтобы обеспечить безопасные условия специалистам, нужно точно знать, как собрать строительные леса, то есть при монтаже следовать определенным правилам.

Особенности установки во многом зависят от материала изготовления конструкции. По этому признаку строительные леса классифицируют на деревянные и металлические. Первые чаще всего изготавливаются самостоятельно, они востребованы при сооружении объектов малой этажности. Вторые, то есть выполненные из стальных труб, являются профессиональным оборудованием. Их отличает устойчивость и надежность.

Помимо этого, особенности монтажа деревянных и металлических лесов определяются, в зависимости от типа крепления. Леса могут быть:

  • Рамными. Такие применяются при окраске и оштукатуривании стен. Конструкции состоят из жестких рам, они закрепляются на стойках (горизонтальных), а также с помощью диагональных связей.
  • Штыревыми. В таких модификациях отдельные элементы объединяются с использованием специальных штыревых разъемов.
  • Клиновыми и хомутовыми
    , монтаж таких строительных лесов осуществляется при решении профессиональных задач. Они выполнены в виде каркасов, которые скреплены с использованием различных деталей. Отличительная особенность конструкций – высокая устойчивость, надежность.

Общие правила установки строительных лесов, СНиП

При использовании и сборке вспомогательных конструкций руководствуются нормами следующих стандартов: ГОСТы 27321-87, а также 24258-88, СНиП по технике безопасности, типовые инструкции по охране труда. Вне зависимости от выбранного вида лесов, рекомендуем:

  • Определить особенности конструкции, детально изучить правила сборки, указанные производителем.
  • Подготовить место, на котором планируется установка оборудования. Например, нужно очистить площадку от мусора и других ненужных предметов, качественно ее выровнять. Почву следует тщательно утрамбовать, при возможности – оснастить ее водоотводами.
  • Привезти на объект подъемные механизмы, которые помогут оперативно поднимать и опускать отдельные элементы лесов.
  • Стяжки ограждений, крепежные детали, настилы всегда монтировать в процессе сборки.
  • Обязательно фиксировать леса на стене здания на всю их высоту, в этом случае обеспечивается безопасность проведения работ.
  • Демонтаж лесов производить в обратном порядке, по сравнению с установкой, при этом предварительно нужно убрать с конструкции все строительные материалы, мусор, инструменты.

Подробнее рассмотрим особенности монтажа популярных типов конструкций. Базовая схема установки строительных лесов штыревого типа:

  • Подготовка площадки.
  • Установка опор. Их необходимо размещать максимально близко к стене здания.
  • Фиксация на опорах первых четырех стоек. Следует помнить о том, что стойки должны иметь аналогичные габариты и тип, необходимо, чтобы они имели заземление.
  • Установка второй пары стоек на уже созданную конструкцию. Обвязка осуществляется с использованием ригелей. Нужно обогнуть сооружение по периметру, скрепить первую и последнюю пары стоек.
  • Наращивание лесов до требующейся высоты. Следует скреплять новые установленные стойки с теми, которые присутствуют на нижнем ярусе. Для этого используются ригели.
  • Установка лестниц, а также ограждений и настилов, когда леса достигли нужных размеров.

Теперь подробнее расскажем о том, как собрать рамные строительные леса:

Рекомендации по монтажу рамных строительных лесов

  • Изучите с тех. паспорт конструкции, подготовьте место, проведите инструктаж мастеров.
  • Установите на площадку специальные подкладки, выполненные из дерева. Их толщина должна быть около четырех сантиметров. Также нужно разместить опорные пятки, их называют башмаками.
  • Разместите в башмаках две смежные рамы 1-го уровня. Объедините их горизонтальными и диагональными связями. Рекомендуем на данном этапе воспользоваться строительным уровнем. Этот этап повторяйте, пока конструкция не достигнет нужной высоты.
  • Установите ригели на 1-м ярусе, уложите и зафиксируйте настилы. Обратите внимание: максимальная ширина просветов, которые присутствуют между досками, не должна превышать 5 миллиметров. Щиты настила могут располагаться по длине внахлест, но при этом зоны стыков обязательно должны быть на опорах. Борта настилов – не менее 15 сантиметров.
  • Монтируйте рамы 2-го уровня, когда 1-й ярус полностью готов. Объединение происходит по аналогичной схеме, то есть с помощью диагональных и вертикальных связей. Для придания лесам большей устойчивости диагональные связи можно дополнительно скреплять в каждой ячейке.
  • Зафиксируйте 2-й ярус на стене с применением анкерных кронштейнов.
  • Повторяйте описанные этапы до тех пор, пока конструкция не достигнет нужной высоты.

Особенности установки клино-хомутовых конструкций:

  • Подготовка рабочей площадки.
  • Установка подкладок и домкратов, при этом ось винтов должна быть расположена строго вертикально.
  • Размещение на домкратах первых лестничных секций, они соединяются с использованием ферм. Затем необходимо закрепить на конструкции опорные стойки.
  • Компенсация имеющихся перепадов рельефа с применением винтовых домкратов.
  • Установка несущих ферм на высоте, на которой планируется укладка настила. После нужно зафиксировать настил на ступенях лестничных секций.
  • Монтаж держателя настила, установка страховых ферм.

Обратите внимание: если на любых деталях или элементах конструкции при проведении работ вы обнаружили дефекты или повреждения, то их в обязательном порядке нужно заменить на новые.

Сборка металлических лесов рамного и хомутового типа

Специалисты собирают металлические строительные леса

Строительными лесами называют временную конструкцию, которая предназначена для проведения строительных и отделочных работ. Они могут быть деревянные или металлические. Свое название это сооружение получило благодаря тому, что раньше производство строительных лесов было основано на материалах из дерева. В настоящее время они представляют собой сложную каркасную систему, которая надежно удерживает до 250 кг/м2 веса. Это позволяет рабочим свободно передвигаться даже на высоте 100 м.

Существует несколько видов лесов: клиновые, штыревые, хомутовые и т. д. Различие между ними в основном состоит в технологии крепления. Отсюда и происходит название каждого типа конструкции. Например, собрать строительные леса штыревым методом – означает вставить металлические штыри в полые трубы-проушины, которые надежно приварены к вертикальным стойкам. Сооружение выдерживает вес до 200 кг/м2, а предельная высота – 40 м. Но самыми распространенными и востребованными лесами считаются рамные и хомутовые. О том, как их собрать и поговорим дальше.

Как правильно провести подготовку сборки строительного оборудования

Перед началом монтажных работ нужно внимательно изучить инструкцию по сборке сооружения. Руководить процессом установки должен специалист, предварительно назначенный на эту должность. Перед началом монтажа необходимо позаботиться о безопасности. Для этого зону установки лесов нужно огородить от пешеходов и проезжающего транспорта специальной лентой.

Работники на строительных лесах

Территорию, на которой будет проводиться работа необходимо выровнять. Если леса собираются на грунтовой площадке, то нужно ее утрамбовать. Это позволит исключить усадку всей конструкции. Место проведения работ необходимо очистить от снега и грязи. Талые воды должны быть отведены. На хорошо подготовленную площадку устанавливаются подпятники, которые предназначены для придания устойчивости сооружению.

Как собрать конструкцию из металлических рам

Рамные строительные леса собираются в следующей последовательности.

  • Рамы крепятся на подставки или винтовые опоры и соединяются между собой связующими перемычками. Точность по вертикали и горизонтали проверяют по уровню.
  • По этой схеме монтируются остальные модули первого ряда.
  • Выполняется анкерное или дюбельное крепление к стене.
  • Рамы соединяются ригелями и настилами первого яруса.
  • Этим же способом устанавливаются остальные секции. Ребра жесткости крепятся в шахматном порядке.
  • Устанавливаются бортовые заграждения. Просматриваются сдвиги и зазоры.
  • Проверяется флажковые крепления и прочность деревянного настила.

Собирается каркасная система в строгой последовательности начиная от угла здания, ведь сооружение состоит из отдельных секций, которые являются продолжением друг друга. Все элементы связи крепятся между собой флажковыми замками, что обеспечивает удобство монтажа и прочность конструкции.

Как выглядят рамные леса в разобранном виде

Порядок установки хомутовых лесов

Хомутовая каркасно-ярусная система предназначена для отделочных, малярных и других строительных работ любой степени сложности. Хомуты, которыми скрепляются элементы бывают поворотного и неповоротного типа. Неповоротные делают сооружение более прочным и устойчивым, а поворотные позволяют осуществлять работы в обход неровностей и выступов. Правильно собрать хомутовые леса не так сложно, как кажется – главное точно следовать инструкции.

  • Под деревянные подкладки устанавливаются башмаки.
  • Производят монтаж стоек и полустоек на внутреннем и внешнем ряду конструкции.
  • Укладываются поперечины, которые после крепятся к стене.
  • Монтируют продольные трубки на наружные и внутренние ряды установленных стоек.
  • На образовавшуюся платформу укладывают по одной деревянной площадке возле каждой пары стоек.
  • Со щитов монтируют продольные связи первого яруса.
  • Просверливаются отверстия в стене, к которым анкерами крепятся поперечные связи.
  • Со щитов устанавливают заграждение, и наращивают трубы угловых стоек.
  • Устанавливают щиты второго яруса, а на первом укладывают настил.
  • Остальные этажи собираются в той же последовательности.

Все элементы строительных лесов соединятся хомутами. Сооружение выдерживает вес до 250 кг/м2 и может достигать высоты 60 м.

Вариант использования хомутовых лесов

Советы от профессионалов

Перед тем как приобрести строительные леса, нужно определиться с их дальнейшим назначением, ведь каждый вид каркасно-ярусной системы имеет свои плюсы и минусы. Например, для быстрого ремонта отлично подойдет вышка тура. Эта легкая мобильная конструкция удобна для проведения небольших по объему и требующих оперативности работ.

Для более сложных и объемных строительно-монтажных работ рекомендуется использование рамных конструкций, которые легко монтируются и стоят недорого.

Если планируются обрабатывать сложные участки с балконами и прочими выпуклыми деталями, то лучше хомутовых сооружений не найти. Только в этом случае крепежные хомуты должны быть поворотными. Это откроет доступ к любым извилистым деталям фасада.

Чтобы визуально закрепить вышеперечисленные рекомендации советуем посмотреть представленное ниже видео.

Видеообзор правильного монтажа строительных лесов


Определение строительных лесов

В образовании строительные леса относится к различным методам обучения, используемым для постепенного продвижения учащихся к более глубокому пониманию и, в конечном итоге, большей независимости в процессе обучения. Сам термин предлагает соответствующую описательную метафору: учителя обеспечивают последовательные уровни временной поддержки, которая помогает учащимся достичь более высоких уровней понимания и приобретения навыков, которых они не смогли бы достичь без посторонней помощи.Как и физические леса, поддерживающие стратегии постепенно удаляются, когда они больше не нужны, и учитель постепенно перекладывает большую ответственность за учебный процесс на ученика.

Строительные леса широко считаются важным элементом эффективного обучения, и все учителя — в большей или меньшей степени — почти наверняка используют различные формы учебных строительных лесов в своем обучении. Кроме того, строительные леса часто используются для устранения пробелов в обучении, т. Е., разница между тем, что студенты узнали, и тем, что они должны знать и уметь делать на определенном этапе своего образования. Например, если учащиеся не достигли уровня чтения, необходимого для понимания текста, изучаемого в рамках курса, учитель может использовать учебные конструкции для постепенного улучшения своих навыков чтения до тех пор, пока они не смогут прочитать требуемый текст самостоятельно и без посторонней помощи. Одна из основных целей создания строительных лесов — уменьшить негативные эмоции и самовосприятие, которые студенты могут испытывать, когда они расстраиваются, пугаются или разочаровываются при попытке выполнить сложную задачу без помощи, направления или понимания, которые им необходимы для ее выполнения.

Строительные леса против дифференциации

Как общая учебная стратегия, строительные леса имеют много общего с дифференциацией, которая относится к большому разнообразию методов обучения и адаптации уроков, которые преподаватели используют для обучения разнородной группы студентов с разными учебными потребностями в одном курсе, классе или среда обучения. Поскольку методы построения строительных лесов и дифференциации используются для достижения схожих учебных целей, то есть перемещения обучения и понимания учащихся от того места, где оно есть, туда, где оно должно быть, эти два подхода могут быть смешаны вместе в некоторых классах до такой степени, что их невозможно различить.Тем не менее, эти два подхода различаются по нескольким причинам. Когда учителя формируют инструкции, они обычно разбивают учебный опыт, концепцию или навык на отдельные части, а затем оказывают студентам помощь, необходимую им для изучения каждой части. Например, учителя могут дать студентам отрывок из более длинного текста для чтения, вовлечь их в обсуждение отрывка, чтобы лучше понять его цель, и научить их словарному запасу, который им необходим для понимания текста, прежде чем давать им полное чтение.В качестве альтернативы, когда учителя дифференцируют обучение, они могут дать некоторым ученикам совершенно другое чтение (чтобы лучше соответствовать их уровню чтения и способностям), дать всему классу возможность выбирать из нескольких текстов (чтобы каждый ученик мог выбрать тот, который им интересен. большинство) или предложите классу несколько вариантов выполнения связанного задания (например, студентам может быть разрешено написать традиционное эссе, нарисовать иллюстрированное эссе в форме комиксов, создать слайд-шоу «эссе» с текстом и изображениями, или сделать устную презентацию).

Следующие примеры служат для иллюстрации нескольких распространенных стратегий возведения лесов:

  • Учитель дает учащимся упрощенную версию урока, задания или чтения, а затем постепенно увеличивает сложность, сложность или изощренность. Для достижения целей конкретного урока учитель может разбить урок на серию мини-уроков, которые постепенно побуждают учащихся к более глубокому пониманию. Например, сложная задача по алгебре может быть разбита на несколько частей, которые изучаются последовательно.Между каждым мини-уроком учитель проверяет, поняли ли ученики концепцию, дает им время попрактиковаться в уравнениях и объясняет, как математические навыки, которые они изучают, помогут им решить более сложную задачу (опрос учеников, чтобы проверить понимание и дать им время попрактиковаться — две распространенные стратегии возведения лесов). В некоторых случаях для описания этой общей техники может использоваться термин управляемая практика .
  • Учитель описывает или иллюстрирует концепцию, проблему или процесс различными способами, чтобы обеспечить понимание. Учитель может устно описать концепцию ученикам, использовать слайд-шоу с наглядными пособиями, такими как изображения и графика, для дальнейшего объяснения идеи, попросить нескольких учеников проиллюстрировать концепцию на доске, а затем предоставить ученикам задание на чтение и письмо. это просит их сформулировать концепцию своими словами. Эта стратегия обращается к множеству способов обучения учащихся — например, визуально, устно, кинестетически и т. Д. — и увеличивает вероятность того, что учащиеся поймут изучаемую концепцию.
  • Студентам дается образец или образец задания, которое им будет предложено выполнить. Учитель описывает особенности задания на образце и почему определенные элементы представляют собой качественную работу. Модель предоставляет студентам конкретный пример учебных целей, которых они должны достичь, или продукта, который они, как ожидается, произведут. Точно так же учитель может также смоделировать процесс, например, многоступенчатый научный эксперимент, чтобы ученики могли увидеть, как это делается, прежде чем их попросят сделать это самим (учителя также могут попросить ученика смоделировать процесс для своих одноклассников) ,
  • Перед тем, как читать сложный текст, ученикам дается урок лексики. Учитель просматривает слова, которые могут вызвать затруднения у учащихся, используя метафоры, аналогии, ассоциации слово-образ и другие стратегии, чтобы помочь учащимся понять значение самых сложных слов, с которыми они столкнутся в тексте. Когда ученики затем прочитают задание, они будут больше уверены в своих способностях к чтению, будут больше интересоваться содержанием и с большей вероятностью поймут и запомнят то, что они прочитали.
  • Учитель четко описывает цель учебной деятельности, направления, которым студенты должны следовать, и цели обучения, которых они должны достичь. Учитель может раздать учащимся раздаточный материал с пошаговыми инструкциями, которым они должны следовать, или предоставить руководство по выставлению оценок или критерии, которые будут использоваться для оценки их работы. Когда учащиеся знают причину, по которой их просят выполнить задание, и за что именно они будут оцениваться, они с большей вероятностью поймут его важность и будут мотивированы для достижения учебных целей задания.Точно так же, если учащиеся четко понимают процесс, которому они должны следовать, они с меньшей вероятностью испытают разочарование или сдадутся, потому что они не полностью понимают, что от них ожидают.
  • Учитель подробно описывает, как новый урок основывается на знаниях и навыках, которые учащиеся получили на предыдущем уроке. Соединяя новый урок с уроком, который ученики уже закончили, учитель показывает ученикам, как уже усвоенные ими концепции и навыки помогут им в выполнении нового задания или проекта (учителя могут описать эту общую стратегию как «опираясь на предыдущие знания» или «Подключение к предыдущим знаниям»).Точно так же учитель может также установить явную связь между уроком и личными интересами и опытом учеников, чтобы улучшить понимание или участие в процессе обучения. Например, учитель истории может сослаться на экскурсию в музей, во время которой учащиеся узнали о конкретном артефакте, связанном с данным уроком. Более подробное обсуждение см. В разделе «Актуальность».
,

Учебное пособие по сборке бактериального генома | Ядро вычислительной биологии

Это руководство будет служить примером того, как использовать бесплатные инструменты сборки генома с открытым исходным кодом и вспомогательные инструменты для создания высококачественных сборок данных бактериальных последовательностей. Образец бактерий, используемый в этом руководстве, будет называться просто «Виды», поскольку это данные в реальном времени. Эти данные являются парными, что означает, что есть прямое и обратное чтение, которые мы обозначим как Sample_R1.fastq и Sample_R2.fastq соответственно.

Ссылки для загрузки программного обеспечения:

Sickle
ABySS
SOAPdenovo
SPAdes
QUAST
SSPACE
AlignGraph

Каталог руководств по сборке

 / UCHC / PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial 

Серп: контроль качества необработанных чтений

Первый шаг — выполнить контроль качества считываний с помощью серпа. Для запуска программы воспользуемся командой серп .Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, мы указываем это с помощью опции pe . Флаг -f обозначает входной файл, содержащий прямые чтения, -r входной файл, содержащий обратные чтения, -o выходной файл, содержащий обрезанные прямые чтения, -p выходной файл, содержащий обрезанные обратное чтение, а -s выходной файл, содержащий обрезанные синглы. Флаг -q обозначает минимальное качество, -l минимальную длину чтения, а -t обозначает тип чтения.

 модуль нагрузки серп / 1,33
серп pe -f /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R1.fastq -r /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq -t sanger -o Sample_1.fastq -p Sample_2.fastq -s Sample_s.fastq -q 30 -л 45 

Обрезанные файлы контроля качества находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control , а сценарий для выполнения контроля качества находится в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_QC.ш .

ABySS: ассемблер последовательности de novo

ABySS — первая ассемблерная программа, которую мы будем использовать для сборки наших обрезанных считываний. Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, для запуска ассемблера мы будем использовать команду abyss-pe . Мы будем использовать параметры k для размера kmer, name для префикса выходного файла, в для путей к прямому / обратному отсеченному чтению и se для пути к одиночному файлу, np для количества процессоров, которое в этом случае должно быть таким же, как количество процессоров, объявленных в заголовке вашего сценария оболочки.

Модуль
 load abyss / 2.1.4
abyss-pe np = 8 k = 31 name = Sample_Kmer31 in = '/ UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Cample_2.fastq' se = '/ UCHC PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq»
# повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Кмеры, использованные в этом примере, можно рассматривать как отправную точку, чтобы понять, какой кмер лучше всего подойдет для сбора данных. Файлы вывода сборки находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / ABySS , а сценарий для выполнения сборки находится в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / Sample_assembly.ш . Обратите внимание, что этот сценарий также включает команды сборки для SOAP и SPAdes.

SOAPdenovo: ассемблер последовательности de novo

SOAPdenovo — еще один ассемблер последовательностей de novo. В отличие от других ассемблеров, SOAP использует файл конфигурации для передачи информации о последовательностях в программу. Файл конфигурации показан ниже. Примечательные поля включают средний размер вставки и длину чтения, которые различаются в зависимости от технологии секвенирования, а также q1, q2 и q; пути к прямому, обратному и одиночному обрезанным чтениям.

 # максимальная длина чтения
max_rd_len = 250
[LIB]
# средний размер вставки
avg_ins = 550
# если необходимо изменить последовательность
reverse_seq = 0
# в какой части (ах) используются чтения
asm_flags = 3
# использовать только первые 250 бит / с каждого чтения
rd_len_cutoff = 250
# в каком порядке чтения используются при построении лесов
Оценка = 1
# обрезка номера пары для надежного соединения (минимум 3 для коротких вставок)
pair_num_cutoff = 3
# минимальная выровненная длина до контигов для надежного чтения (не менее 32 для коротких вставок)
map_len = 32
# путь к генам
q1 = / UCHC / PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq
д2 = / UCHC / PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_2.fastq
q = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Для запуска ассемблера мы будем использовать команду SOAPdenovo-63mer с опцией all (для выполнения построения графа Кмера, исправления ошибок контигов, сопоставления чтений с контигами и построения каркасов), -s для пути к файл конфигурации, -K для размера kmer, -o для выходного префикса, 1 для журнала сборки и 2 для ошибок сборки.

 модуль загрузки SOAP-denovo / 2.04
SOAPdenovo-63mer all -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/Sample.config -K 31 -R -o graph_Sample_31 1> ass31.log 2> ass31.err
# повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SOAP.

SPAdes: Ассемблер де Брейна на основе графов

Последний ассемблер, который мы запустим, — SPAdes. SPAdes отличается от других ассемблеров тем, что генерирует окончательную сборку из нескольких kmers.Список kmers автоматически выбирается SPAdes с использованием максимальной длины чтения входных данных, и каждый отдельный kmer участвует в окончательной сборке. Для запуска SPAdes мы будем использовать команду spades.py с опцией --careful , чтобы минимизировать количество несоответствий в контигах, -o для выходной папки, -1 для пути к прямому читает, -2 для пути к обратному чтению и -s для пути к одиночному чтению.При желании список кмеров можно указать с помощью флага -k , который переопределит автоматический выбор кмеров.

 модуль нагрузки SPAdes / 3.13.0
spades.py --careful -o SPAdes_out -1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_1.fastq -2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_2.fastq -s / UCHC / PublicShare Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes.

QUAST: статистика сборки

Теперь, когда у нас есть несколько сборок, пора проанализировать качество каждой сборки. И ABySS, и SOAPdenovo имеют собственный вывод статистики, но для единообразия мы будем использовать программу QUAST. Статистические данные, которые нас больше всего интересуют, — это количество контигов, общая длина и N50. Хорошая сборка должна иметь небольшое количество контигов, общую длину, приемлемую для данного вида, и высокое значение N50. Чтобы запустить quast для всех наших финальных файлов сборки, мы запустим следующие команды, с единственными используемыми параметрами, являющимися именем файла (ов) сборки и выходным каталогом.

 модуль загрузки quast / 5.0.2
# Статистика ABySS
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/ABySS/Sample_Kmer*-scaffolds.fa -o ABySS 
 # Статистика SOAPdenovo
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SOAP/graph_Sample_*.scafSeq -o SOAP 
 # Статистика SPAdes
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -o SPAdes 

Abyss результатов:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Sample_Kmer31-леса 363 86593 2779506 32.76 14714
Подмости Sample_Kmer35 342 86909 2787431 32,75 16801
Sample_Kmer41-леса 330 84960 2794086 32,76 17579

результатов SOAP:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
graph_Sample_31.scafSeq 276 103125 3574101 32,44 26176
graph_Sample_35.scafSeq 246 86844 3543834 32,46 27766
graph_Sample_41.scafSeq 214 99593 3438095 32,46 36169

SPAdes результаты:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
подмости 59 255551 2880184 32.65 147660

Судя по данным, SPAdes показали лучшие результаты. SPAdes сгенерировал только 59 контигов по сравнению с ~ 200 из SOAP и ~ 300 из ABySS. Кроме того, наибольший размер контига и значения N50 были самыми высокими. Наконец, общее количество пар оснований было наиболее близким к количеству пар оснований в другом штамме этой бактерии, который уже был секвенирован. Мы перейдем к вторичным лесам с этой сборкой, расположенной в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes / scaffolds.Фаста .

Выходные данные

QUAST состоят из папки, содержащей результаты в нескольких форматах в каждом из трех каталогов сборки. Скрипт для запуска QUAST расположен по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/QUAST/Sample_quast.sh .

SSPACE Стандарт

SSPACE — скрипт, способный расширять и строить предварительно собранные контиги. SSPACE требует файл библиотеки, содержащий пути к парным конечным операциям чтения, средний размер вставки и тип данных.Этот файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Species_library.txt .

Мы запустим SSPACE с помощью команды perl с параметрами -l для библиотеки видов, -s для файла fasta, содержащего собранные скаффолды, -b для выходного префикса и -T для номера ниток.

 модуль нагрузки SSPACE / 3.0
SSPACE_Standard_v3.0.pl -l / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Species_library.txt -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -b SSPACE -T 16 

Выходной файл расположен по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/Sample_SSPACE.final.scaffolds.fasta . Сценарий для запуска SSPACE находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_sspace.sh .

Затем мы запустим QUAST для этого файла, чтобы сравнить его с предыдущими сборками. На этот раз мы запустим QUAST в командной строке без сценария отправки, поскольку это только одна строка.

 cd / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / QUAST
загрузка модуля quast / 5.0.2
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/SSPACE.final.scaffolds.fasta -o SSPACE 

Результаты квеста:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Sample_SSPACE.final.scaffolds 57 255551 2880249 32,65 147660

AlignGraph о близком родстве (разные штаммы видов)

AlignGraph — последний шаг в конвейере сборки. Из документации следует, что «AlignGraph — это программное обеспечение, которое расширяет и объединяет контиги или каркасы путем их повторной сборки с помощью эталонного генома тесно связанного организма». Используя эталонный геном близкородственного организма, можно улучшить сборку[email protected] /> / p; 2 ~ 4p ‘/UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq> Sample_R2.fasta

Затем мы запустим AlignGraph, используя команду AlignGraph и параметры --read1 для прямого чтения в формате fasta, --read2 для обратного чтения в формате fasta, --contig для пути к сборку, которую мы перекомпоновываем, и --genome для пути к эталонному геному, который мы используем для перекаффолдинга. Используемый нами геном называется AlignGraph_genome.fasta, опять же для защиты живых данных.

Кроме того, мы должны определить параметры --distanceLow и --distanceHigh . Из документации DistanceLow — это максимальное значение [размер вставки — 1000, размер вставки] и distanceHigh [размер вставки + 1000]. Размер вставки этого набора данных составляет 550, что дает нам distanceLow 550 и distanceHigh 1550. Наконец, мы определяем имена выходных файлов, используя --extendedContigs и --remainingContigs .–RemainingContigs будет содержать окончательную сборку.

загрузка модуля AlignGraph / v1
AlignGraph --read1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta --read2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta --contig / UCHACE / PublicShare / Assembly / Tutorial SS / PublicShare / Assembly /SSPACE.final.scaffolds.fasta --genome /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph_genome.fasta --distanceLow 550 --distanceHigh 1550 --extendedContig Species_extendedContigs.fa --remainingContig Species_remainingContigs.fa 

Выходной файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph/Sample_remainingContigs.fa . Скрипт для запуска AlignGraph расположен по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_aligngraph.sh .

Затем QUAST:

 cd / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / QUAST
загрузка модуля quast / 5.0.2
quast.py / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Scaffolding / AlignGraph / Species_remainingContigs.fa -o AlignGraph 
Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Species_remainingContigs 57 255551 2880249 32,65 147660

К сожалению, этот набор данных не был улучшен AlignGraph с учетом этого конкретного генома, но это руководство все еще иллюстрирует общую идею.

,

Строительные леса с SSPACE возвращенные леса такие же, как и исходный набор контигов

4,9 лет назад пользователем

США

Привет всем,

Я использовал Minia для сборки набора контигов из моих парных конечных чтений, поскольку Minia проинструктировала, что она не использует информацию о сопряжении для построения сборки, затем я продолжаю пробовать SSPACE, чтобы использовать эту информацию о сопряжении из ТАКОЙ БИБЛИОТЕКИ (которая у меня есть используется для создания набора контигов) для строительных лесов.Но после того, как попробовали разные параметры в SSPACE (k, a или параметры lib.txt), он ВСЕГДА возвращает набор скаффолдов точно такой же, как и исходный набор контигов. Я что-то пропустил? Даже если бы я не поставил лучшие параметры, у меня получился бы каркас, который мог бы чем-то отличаться от исходного набора контигов, но здесь они точно такие же.
Любые предложения приветствуются, большое спасибо!


Вот мой вклад и сводка строительных лесов:

 мой lib.txt:  k71 галстук-бабочка 1.fastq 2. fastq 440 0,75 FR 


Обязательные входные данные:
      -l = lib.txt
            Количество парных файлов = 1
      -s = k71contigs.fasta
      -b = k71origin

Дополнительные входы:
      -x = 0
      -z = 0
      -k = 10
      -g = 0
      -a = 0,7
      -n = 10
      -T = 16
      -p = 1



ЧТЕНИЕ К71:
-------------------------------------------------- ----------
      Всего вставленных пар = 46314881
-------------------------------------------------- ----------

СТАТИСТИКА БИБЛИОТЕКИ k71:
################################################## ##############################

ОТОБРАЖЕНИЕ ЧИТАЙТЕ ДЛЯ ПРОДОЛЖЕНИЯ
-------------------------------------------------- ----------
      Количество одиночных чтений, найденных для контигов = 6827738
      Количество пар чтения, используемых для соединения контигов / всего пар = 657371/657371
-------------------------------------------------- ----------

ПРОЧИТАЙТЕ СТАТИСТИКУ ПАР:
      Собранных пар: 657371 (1314742 последовательностей)
            Удовлетворен расстоянием / логикой в ​​рамках контигов (т.е. -> <-, расстояние до цели: 440 +/- 330): 645344
            Неудовлетворительное расстояние в пределах контигов (т.е. расстояние за пределами поля): 9033
            Неудовлетворительная логика сопряжения в рамках контигов (т.е. нелогичное сопряжение -> ->, <- <- или <-->): 0
            ---
            Удовлетворены расстоянием / логикой в ​​пределах данной пары контигов (предварительный каркас): 2175
            Неудовлетворительное расстояние в пределах данной пары контигов (т. Е. Рассчитанные расстояния вне границы): 819
            ---
      Всего доволен: 647519 неудовлетворен: 9852

      Статистика предполагаемого размера вставки (на основе 645344 пар):
            Средний размер пластины = 296
            Средний размер пластины = 248

повторяет:
      Количество повторяющихся ребер = 0
-------------------------------------------------- ----------
################################################## ##############################

  СВОДКА:
-------------------------------------------------- ----------
      Вставлен файл contig;
            Общее количество контигов = 882414
            Сумма (п.н.) = 762086901
                  Общее количество N = 0
                  Сумма (п.н.) нет N's = 762086901
            Содержание GC = 38.49%
            Максимальный размер контига = 55233
            Мин. Размер контига = 143
            Средний размер контига = 863
            N25 = 4488
            N50 = 2157
            N75 = 837

      После строительных лесов k71:
            Общее количество строительных лесов = 882414
            Сумма (п.н.) = 762086901
                  Общее количество N = 0
                  Сумма (п.н.) нет N's = 762086901
            Содержание ГХ = 38,49%
            Максимальный размер строительных лесов = 55233
            Мин. Размер строительных лесов = 143
            Средний размер строительных лесов = 863
            N25 = 4488
            N50 = 2157
            N75 = 837 

-------------------------------------------------- ---------- 
,
Опубликовано в категории: Разное

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *